3ra Versión Taller de Bioinformática. Intensivo en R/Bioconducor y Cytoscape.
El objetivo general de este taller intensivo es capacitar a sus asistentes en la comprensión de las nuevas tecnologías Ómicas y en los diferentes métodos de análisis que este tipo de datos representa, utilizando alternativas de softwares libres como “R/Bioconductor” y “Cytoscape”. Ello se logrará mediante el entendimiento a cabalidad del flujo de trabajo involucrado en cada tecnología, para finalmente obtener resultados cuya interpretación biológica esté cargada de significado y que permita la correcta toma de decisiones.
Sesión 1: Miércoles 14 de Noviembre
- Fundamentos Estadísticos para Bioinformática:
- Estadística clásica: Hipótesis nula, hipótesis alternativa, valores p.
- Estadística bayesiana: Teoría de decisión y probabilidades a posteriori.
- Machine Learning en Bioinformática: Clustering, Heatmaps, PCA, t-SNE.
- Introducción a R/Bioconductor
Sesión 2: Miércoles 28 de Noviembre
- Secuenciación masiva y Transcriptómica:
- Tecnologías de secuenciación masiva y de molécula única.
- Transcriptómica: Microarrays, RNA-seq y single-cell sequencing.
- Práctico en R/Bioconductor: Análisis estadístico de expresión diferencial a partir de datos de RNA-seq. PCA, Clustering, Heatmaps, y gráficos de genes diferencialmente expresados.
Sesión 3: Miércoles de 05 de Diciembre
- Análisis estadístico de resultados post-expresión diferencial Parte I:
- Análisis estadístico de Vías Biológicas.
- Uso de bases de datos Anotaciones Funcionales: GeneOntology (GO), KEGG.
- Práctico en R/Bioconductor: Análisis de Enriquecimiento de Procesos Biológicos, Funciones Moleculares, Componentes Celulares (GO) y Vías biológicas (KEGG). Gráficos de enriquecimientos.
- Práctico en Cytoscape: Introducción a Cytoscape. Análisis de enriquecimiento. Visualizaciones y personalización de gráficos.
Sesión 4: Miércoles de 12 de Diciembre
- Análisis estadístico de resultados post-expresión diferencial Parte II:
- Análisis estadístico de Redes Biológicas.
- Redes de Coexpressión. Redes de Interacción Proteína-Proteína.
- Búsqueda in silico e in vivo (ChIP-seq) de sitios de Factores de Transcripción. Redes de Regulación Génica.
- Práctico en R/Bioconductor y Cytoscape. A partir de datos transcriptómicos se calcularán: Redes de Coexpresión, de Interacción Proteína-Proteína, Clustering y subredes. Búsqueda de sitios de unión de Factores de Transcripción y de microRNA.
Sesión 5: Miércoles de 19 de Diciembre
- Introducción al Análisis Estadístico de Microbiota:
- Usos de marcadores moleculares: 16/18S.
- Operational Taxonomic Unit (OTU) versus Amplicon Sequence Variant (ASV).
- Flujo de trabajo: Diseño Experimental trimming y filtraje de archivos FASTQ, Asignación especies, Construcción árbol filogenético, Análisis estadístico de diversidades y composición de comunidades.
- Práctico en R/Bioconductor y Cytoscape: Utilizando archivos FASTQ públicos se llevará a cabo el flujo de trabajo de análisis completo.
Costo inscripción: $100.000. Costo total por las 5 sesiones (15 horas).
Inscripciones y mayor información en: goo.gl/iNzs9j