8va Versión Curso de Bioinformática: Intensivo en R/Bioconducor y Cytoscape
El objetivo general de este intensivo es capacitar a sus asistentes en la comprensión de las nuevas tecnologías Ómicas y en los diferentes métodos de análisis que este tipo de datos representa, utilizando alternativas de softwares libres como “R/Bioconductor” y “Cytoscape”. Ello se logrará mediante el entendimiento a cabalidad del flujo de trabajo involucrado en cada tecnología, para finalmente obtener resultados cuya interpretación biológica esté cargada de significado y que permita la correcta toma de decisiones.
Sesión 1: lunes 14 de Octubre. Fundamentos Estadísticos para Bioinformática.
- Estadística clásica: hipótesis nula, hipótesis alternativa, valores p.
- Corrección por múltiples comparaciones: valores p ajustados.
- Estadística bayesiana: Teoría de decisión y probabilidades a posteriori.
Sesión 2: jueves 17 de Octubre. Programación en R para Bioinformática.
- Introducción a la programación en R y uso RStudio.
- Tipos de variables: vectores, matrices, factores, data frames, listas.
- Flujos de control y condicionales, loops, Funciones, familia apply.
- Manejo de archivos FASTA, FASTQ, BAM, BED, csv, txt.
Sesión 3: lunes 21 de Octubre. Secuenciación masiva y Machine Learning en Bioinformática.
- Tecnologías de secuenciación masiva y de molécula única.
- Machine Learning usando datos Ómicos. Métodos No supervisados; PCA, t-SNE, NMDS, PCoA, Clustering. Métodos Supervisados; L/QDA, KNN, SVM, CART, Random Forest.
- Práctico en R/Bioconductor.
Sesión 4: jueves 24 de Octubre. Análisis de Microbiota mediante amplificación de 16/18S.
- Usos de marcadores moleculares: 16/18S usando Illumina.
- Operational Taxonomic Unit (OTU) versus Amplicon Sequence Variant (ASV).
- Flujo de trabajo: Diseño Experimental, trimming y filtraje de archivos FASTQ, Asignación especies, construcción árbol filogenético, análisis estadístico de diversidades alfa, beta, gama y composición de comunidades.
- Práctico en R/Bioconductor: workflow usando FASTQ públicos.
Sesión 5: lunes 28 de Octubre. Introducción a la Transcriptómica.
- Transcriptómica: Microarrays, Bulk RNA-seq y single-cell RNA-seq.
- Análisis de expresión diferencial: comparación métodos estadísticos frecuentistas y bayesianos.
- Práctico en R/Bioconductor: Análisis estadístico de expresión diferencial a partir de datos de RNA-seq y microarrays.
Sesión 6: lunes 4 de Noviembre. Análisis estadístico de resultados post-expresión diferencial Parte I.
- Análisis estadístico de Vías Biológicas.
- Uso de bases de datos Anotaciones Funcionales: Gene Ontology (GO), KEGG.
- Práctico en R/Bioconductor: Análisis de Enriquecimiento de Procesos Biológicos, Funciones Moleculares, Componentes Celulares (GO) y Vías biológicas (KEGG). Gráficos dbuilder-evente enriquecimientos.
- Práctico en Cytoscape: Introducción a Cytoscape. Análisis de enriquecimiento. Visualizaciones y personalización de gráficos.
Sesión 7: jueves 7 de Noviembre. Análisis estadístico de resultados post-expresión diferencial Parte II.
- Análisis estadístico de Redes Biológicas.
- Redes de Co-expresión génica. Redes de Interacción proteína-proteína.
- Práctico en R/Bioconductor y Cytoscape. A partir de datos transcriptómicos se calcularán: Redes de Co-expresión, de Interacción proteína-proteína.
Sesión 8: viernes 8 de Noviembre. Análisis estadístico de resultados post-expresión diferencial Parte III.
- Redes de Regulación Génica.
- Búsqueda in silico e in vivo de sitios de unión Factores de Transcripción y microRNAs.
- Inmunoprecipitación de cromatina seguida de secuenciación: ChIP-seq.
- Práctico en R/Bioconductor y Cytoscape.
Inscripciones
Debido a las características del espacio, la cantidad de cupos es limitada. Existen solamente 10 cupos disponibles.
Costo total: $150.000 por persona (las 8 sesiones, 24 horas en total).
Para inscribirse, escribir al correo: contacto@estacionlastarria.cl
Para reservar el cupo se tiene que abonar el 50% antes de la primera sesión.
Se entrega factura si es requerido. Inscripciones y mayor información: https://bit.ly/2Vvx1ov